Στο Πολεμικό Μουσείο υφίστανται πέντε εργαστήρια συντήρησης άρτια εξοπλισμένα και στελεχωμένα με κατάλληλο επιστημονικό προσωπικό. Οι υπηρεσίες που παρέχουν είναι υψηλής ποιότητας, με σεβασμό στην ιστορία των εθνικών μας κειμηλίων και στόχο τη διάσωση, τη διατήρηση της ιστορικής μας κληρονομιάς και την ασφαλή παράδοσή της στις επόμενες γενιές, συγκεκριμένα:
Εργαστήριο Συντήρησης Παλαιών Πολεμικών Κειμηλίων
Συντηρούνται πάσης φύσεως πολεμικών κειμηλίων από την αρχαιότητα μέχρι και τον 19ο αιώνα (διαπίστωση φθορών, φωτογραφική τεκμηρίωση, αποσυναρ-μολόγηση, συντήρηση, αισθητική αποκατάσταση και συναρμολόγηση)
Εργαστήριο Συντήρησης Έργων Τέχνης και Κειμηλίων σε Χαρτί
Διενεργείται διαγνωστική, προληπτική και επεμβατική συντήρηση έργων τέχνης σε χαρτί (χειρόγραφα, λιθογραφίες, χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες και βιβλία)
Εργαστήριο Συντήρησης Ζωγραφικών Έργων Τέχνης
Στο εργαστήριο διενεργείται συντήρηση-αποκατάσταση ζωγραφικών έργων τέχνης σε μουσαμά ή σε ύφασμα
Εργαστήριο Συντήρησης Υφάσματος
Τελεί υπό συγκρότηση
Οπλουργείο
Στο οπλουργείο πραγματοποιούνται εργασίες συντήρησης του νεότε-ρου οπλισμού (τέλη 19ου-20όυ αιώνα)